Formado en Niort, fue en el FC Lorient donde Benjamin Lecomte dio su gran salto cuando reemplazó a Fabien Audard, donde disputó 140 partidos antes de ser traspasado a Montpellier en 2017. Después de dos excelentes temporadas en el Hérault, Benjamin Lecomte fue traspadado al AS Mónaco, donde firmó un contrato que lo une por cinco temporadas desde Julio de 2019.