Formado no Niort, foi no FC Lorient que Benjamin Lecomte foi revelado ao substituir Fabien Audard. Ele disputou 140 jogos antes de se juntar ao Montpellier em 2017. Após duas excelentes temporadas, onde foi convocado pela primeira vez à seleção francesa, Benjamin Lecomte assinou por cinco temporadas com o AS Monaco em julho de 2019.