Ao ingressar no clube da Universidad Católica aos nove anos, Guillermo Maripán venceu o campeonato de abertura e encerramento de 2016 no Chile com seu clube formador. No verão de 2017, rumou para a La Liga no Alavés (Espanha). Nas últimas duas temporadas, o zagueiro jogou 47 partidas pelo clube espanhol. Semifinalista da Copa América 2019, o nativo de Vitacura assinou em 24 de agosto de 2019 com o AS Monaco por cinco temporadas.