Após ter começado no futsal, o natural de Sarcelles fez a sua estreia na Ligue 1 sob as cores do Toulouse FC durante a temporada 2010/2011. Após uma temporada de adaptação, ele se confirmou como líder técnico e artilheiro do Toulouse, marcando 70 gols em 169 jogos durante quatro temporadas (2012/2013 a 2015/2016). Transferido ao Sevilla FC no verão de 2016, o atacante fez três temporadas completas com o clube andaluz e descobriu as competições europeias, nas quais ele exibiu suas qualidades de finalizador, balançando as redes 22 vezes em 29 partidas. Em três anos, ele se tornou o quarto maior artilheiro da história do clube sevilhano (70 gols em 138 jogos). Em 14 de agosto de 2019, Wissam Ben Yedder assinou por cinco temporadas com o AS Monaco.