Имея в своем активе более 360 матчей на высшем уровне в чемпионатах Бельгии, Англии, Нидерландов и Германии, а также проведя 13 встреч за сборную Бельгии, Себастьян Поконьоли повесил бутсы на гвоздь и начал тренерскую карьеру в 2021 году. После первого опыта работы с командой «Юнион Сен-Жиллуаз» до 21 года бывший левый защитник также поработал с молодежными коллективами «Генка» U18 и сборной Бельгии U18. Следом он возглавил первую команду «Юниона» и уже в дебютном сезоне с «желто-синими» 38-летний валлонский специалист добился с командой побед в Суперкубке Бельгии и завоевал золотые медали чемпионата. Так, Себастьян Поконьоли привел «Юнион» к первому чемпионскому титулу за 90 лет после исторической кампании в плей-офф чемпионата, в ходе которой команда набрала 28 очков из 30 возможных. По итогам сезона 2024–2025, в котором «Юнион» также дошел до плей-офф Лиги Европы, уступив амстердамскому «Аяксу», уроженец Серена был признан тренером года в бельгийской Про Лиге.