Occupant le rôle d'entraîneur/joueur au SV Gössendorf (2000-2001) puis au SC Kalsdorf (2001-2004), il devient ensuite entraîneur adjoint au Sturm Graz (2005-2011) puis de 2011 à 2015 au SC Kalsdorf. Présent sur le banc des Young Boys durant le passage d'Adi Hütter, Christian Peintinger suit l'actuel entraîneur de l'AS Monaco à l'Eintracht Francfort en juillet 2018, en tant qu'entraîneur adjoint. Les deux hommes se suivent à nouveau en juillet 2021 au Borussia Mönchengladbach, dans le même rôle.