Samuel Nibombé rejoint le Club de la Principauté en provenance du Sporting Charleroi, où il a évolué durant la saison 2022-2023 avec la catégorie U18. Ses performances ont permis au natif de Mons d’être régulièrement appelé avec les sélections de jeunes de la Belgique. Tant bien avec les U15, les U16 et les U17 des Diables Rouges, Samuel Nibombé cumule, principalement en tant que capitaine, plus d’une vingtaine de rencontres, dont 10 sans concéder le moindre but. Après une saison 2023-2024 complète avec les U19 de l'AS Monaco, où il dispute 19 matchs pour deux buts, Samuel Nibombé intègre le Groupe Elite lors de l'intersaison 2024-2025.