Ex terzino sinistro con oltre 360 presenze da professionista, l'ex nazionale belga (13 presenze) ha iniziato la sua carriera di allenatore dopo aver appeso le scarpe al chiodo nell'estate del 2021. "Poco" ha esordito con la squadra Under 21 dell'Union Saint-Gilloise, per poi passare alla squadra Under 18 del KRC Genk e infine alla squadra Under 18 della nazionale belga. Tornato all'Union, questa volta sulla panchina della prima squadra, l’allenatore 38enne ha vinto la Supercoppa belga e il campionato belga nella sua prima stagione. Sébastien Pocognoli ha così portato l'Union al suo primo titolo di campionato in 90 anni, al termine di una stagione storica attraverso i play-off del campionato (28 punti su 30). Al termine di questa stagione 2024-2025, segnata anche da un posto nei play-off di Europa League (sconfitta dall'Ajax), il nativo di Seraing è stato insignito del titolo di allenatore dell'anno nella Pro League.