Formado en la divisiones inferiores del Grenoble y Saint-Etienne, Ruben Aguilar hizo su debut profesional en el AJ Auxerre durante la temporada 2014/2015, donde llegó, en esa temporada, a la final de al Copa de Francia (perdió ante el Paris Saint-Germain, 0-1)! Tras tres temporadas y casi 100 partidos con los borgoñones, el lateral derecho saltó a la primera división de Francia tras llegar al Montpellier Hérault Sport Club en 2017. Con 68 partidos disputados en dos temporadas (2017-2018 y 2018-2019), el defensor se convirtió en un jugador regular de la plantilla del Montpellier, destacándose por su fuerza defensiva. El 6 de agosto de 2019, Rubén Aguilar firmó un contrato por cinco temporadas con el AS Monaco.