Arrivé à 19 ans en provenance du club national d’Istres lors du mercato estival 1997, Julien Rodriguez débute dans la réserve du club de la Principauté. Il dispute ses premières minutes avec l’effectif professionnel un an et demi plus tard en janvier 1999. Champion de France 2000, le natif de Béziers s'installe en charnière centrale avec Sébastien Squillaci lors de la saison 2002-2003. Un exercice qui se conclut par un titre en Coupe de la Ligue face à Sochaux (4-1) pour le deuxième trophée de sa carrière. En fin de contrat à la fin de la saison, Julien Rodriguez prolonge finalement et dispute l’épopée de la Ligue des Champions au cours de laquelle il joue l’intégralité des 13 rencontres. Joueur le plus utilisé de l’équipe, l’ancien istréen est promu capitaine après le départ de Ludovic Giuly. A Monaco, entre 1997 et 2005, Julien Rodriguez dispute 174 matchs toutes compétitions pour deux buts et deux passes décisives.