Formé et révélé par le FC Nantes, où il débutait sa carrière en 2007, c'est à l'étranger que le milieu défensif d'origine haïtienne a effectué la majeure partie de sa carrière. Au Standard de Liège, tout d'abord, puis au Dynamo Moscou, à l'AS Rome et enfin à Antalyaspor, un parcours continental tout de même marqué par une saison convaincante avec l'OM durant l'exercice 2016/2017. Âgé de 30 ans, William Vainqueur a retrouvé la Ligue 1 en janvier 2019, prêté à l'AS Monaco pour six mois par Antalyaspor.