Formado no Grenoble e Saint-Etienne, Ruben Aguilar fez sua estreia profissional no AJ Auxerre na temporada 2014/2015, chegando nessa temporada à final da Coupe de France (derrota para o Paris Saint-Germain , 0-1)! Depois de três temporadas e quase 100 jogos com os Bourguignons, o zagueiro rumou à elite francesa e ao Montpellier Hérault Sport Club em 2017. Com 68 jogos em duas temporadas (2017-2018 e 2018-2019), o lateral-direito se tornou um importante membro do time de Montpellier, conhecido por sua força defensiva. Em 6 de agosto de 2019, Ruben Aguilar assinou por cinco temporadas pelo AS Monaco.